Incapacidades médicas en Colombia: ¿Quién las paga?

Resumen: Las incapacidades médicas en Colombia son fundamentales para proteger a los trabajadores, conocer la normativa vigente, identificar quién las paga y entender los tiempos de pago. En CODESS te ayudamos a gestionar todo el proceso de manera ágil y segura, asegurando cumplimiento legal, tranquilidad para tu empresa y la correcta protección de tu equipo.

Las incapacidades médicas en Colombia pueden impactar la operación de tu empresa, aumentar el ausentismo y generar errores en el manejo de pagos y tiempos. Entender cómo funcionan es clave para proteger a tus trabajadores, cumplir con la normativa y mantener el control de cada caso.

Con una gestión técnica y oportuna, tu empresa puede reducir inconsistencias y tomar mejores decisiones. Una auditoría de incapacidades te ayuda a hacer seguimiento, validar información y fortalecer el manejo de incapacidades desde un enfoque preventivo.

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¿Qué son las incapacidades médicas en Colombia?

Las incapacidades médicas en Colombia corresponden al periodo en el que un trabajador no puede desempeñar sus funciones habituales debido a una condición de salud certificada por un profesional médico, lo que implica una suspensión temporal de su capacidad laboral y la necesidad de seguimiento dentro del sistema de seguridad social.

A nivel normativo, las incapacidades se encuentran definidas de la siguiente manera:

  • En materia de Riesgos Profesionales, el Artículo 2º de la Ley 776 de 2002 define la incapacidad temporal como aquella que, según el cuadro agudo de la enfermedad o lesión que presente el afiliado al Sistema General de Riesgos Profesionales, le impida desempeñar su capacidad laboral por un tiempo determinado.
  • En el Decreto 1427 de 2022 Artículo 2.2.3.1.3 la incapacidad de origen común se define como el estado de inhabilidad física o mental que le impide a una persona desarrollar su capacidad laboral por un tiempo determinado, originado por una enfermedad general o accidente común y que no ha sido calificada como enfermedad de origen laboral o accidente de trabajo.

     

La correcta interpretación de las incapacidades médicas y la aplicación de la medicina laboral y del trabajo permite a las empresas gestionar adecuadamente los tiempos de ausencia, validar el origen del evento y asegurar el cumplimiento normativo dentro del SG-SST.

¿Quién paga las incapacidades médicas en Colombia?

Las incapacidades médicas son asumidas por diferentes actores del sistema de seguridad social dependiendo del origen de la incapacidad y del tiempo de duración, lo que implica que su gestión debe realizarse con claridad para evitar errores en el pago y en la responsabilidad de cada entidad. 

La cobertura y el responsable del pago varían según se trate de una incapacidad de origen común o laboral, así como del tipo de afiliación del trabajador al sistema de seguridad social. Conocer quién expide los certificados y qué obligaciones legales aplican es clave para garantizar un proceso transparente y sin contratiempos.

¿Quién expide las incapacidades?

Competencia y responsabilidad en la expedición de certificados.

  • Son competentes, para expedir el certificado de incapacidad o licencia de maternidad los médicos u odontólogos tratantes inscritos en el Re THUS y los profesionales que estén prestando su servicio social obligatorio provisional.

La incapacidad de origen común

  • En cuanto se deriva del acto médico u odontológico, según aplique, está sujeta a las normas de la ética médica u odontológica y a las responsabilidades que se originan en el deber de consignar los hechos reales en la historia clínica, en los términos de las leyes 23 de 1981, 35 de 1989 y el artículo 17 de la ley 1751 de 2015.

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Clases de incapacidades médicas

En Colombia, las incapacidades médicas se clasifican principalmente en dos tipos, según el origen de la enfermedad o condición que genera la incapacidad. Conocer esta clasificación es esencial para identificar quién asume el pago y qué procedimientos se deben seguir para cada caso.

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  • Incapacidad de origen común o por enfermedad general:
    Esta incapacidad se genera por enfermedades no relacionadas con el trabajo o accidentes fuera del ámbito laboral. Generalmente, el pago corresponde a la entidad de seguridad social a la que está afiliado el trabajador, siguiendo las normas establecidas por el sistema de salud.

  • Incapacidad de origen laboral:
    Se trata de incapacidades que derivan de accidentes de trabajo o enfermedades profesionales. En este caso, la responsabilidad del pago recae principalmente en el empleador y en la administradora de riesgos laborales (ARL), según lo establece la legislación laboral vigente.

Cada tipo de incapacidad requiere un proceso específico para su expedición y pago, por lo que es importante que trabajadores y empleadores conozcan sus derechos y obligaciones, garantizando así la cobertura adecuada y evitando inconvenientes legales.

Condiciones para el reconocimiento y pago de la incapacidad

El reconocimiento y pago de una incapacidad médica en Colombia no se realiza automáticamente; depende del cumplimiento de ciertos requisitos establecidos por el sistema de seguridad social.

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Cumplir con estos requisitos permite que el pago de la incapacidad se realice de manera correcta y oportuna, evitando retrasos o inconvenientes legales para el trabajador y garantizando que las entidades de salud cumplan con sus obligaciones.

Pago de la incapacidad según el tiempo 

El pago de la incapacidad varía según el origen de la misma y el tiempo durante el cual se presenta. Es importante diferenciar si se trata de una incapacidad de origen común o laboral, ya que esto define el porcentaje del salario que corresponde recibir y la duración del pago.

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  • Origen Común: Las (2/3) partes del salario, esto es, el 66%, durante los noventa (90) días y la mitad del salario, es decir, el 50%, por el tiempo restante, según lo dispone el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo.

  • Origen Laboral: Conforme lo dispuesto en el Artículo 3 de la Ley 776 de 2002, el afiliado tendrá derecho al pago de un subsidio equivalente al 100% de su salario base de cotización.

¿Quién tramita el pago de la incapacidad?

El trámite para el reconocimiento de incapacidades médicas por enfermedad general y licencias de maternidad o paternidad a cargo del Sistema General de Seguridad Social en Salud, deberá ser adelantado, de manera directa, por el empleador ante las entidades promotoras de salud, EPS. 

En consecuencia, en ningún caso puede ser trasladado al afiliado el trámite para la obtención de dicho reconocimiento. Para efectos laborales, será obligación de los afiliados informar al empleador sobre la expedición de una incapacidad o licencia. (Artículo 121 Decreto 019 de 2012).

¿Qué pasa si la incapacidad es rechazada o no pagada a tiempo?

Cuando una incapacidad es rechazada o no se paga dentro del plazo legal, el trabajador no recibe el subsidio correspondiente, lo que puede afectar sus ingresos durante el tiempo de reposo. Esto genera inconvenientes económicos y puede generar preocupación o estrés para el afiliado.

En estos casos, el trabajador puede presentar un recurso de reclamación ante la EPS o ARL, explicando las razones por las que considera que la incapacidad debe ser reconocida. Además, la entidad responsable podría enfrentar sanciones por incumplir la normativa de seguridad social en Colombia, por lo que es importante mantener un seguimiento oportuno.

¿Qué documentos son necesarios para tramitar una incapacidad?

Para tramitar una incapacidad se requiere principalmente el certificado médico emitido por un profesional inscrito en el RETHUS, que respalde la condición de salud del trabajador. También es importante adjuntar la historia clínica que soporte el diagnóstico y, si aplica, formularios específicos de la EPS o ARL.

El trabajador debe entregar estos documentos al empleador para que se realice el trámite de reconocimiento y pago de la incapacidad. Contar con la documentación completa y correcta asegura que el proceso sea más rápido, evitando retrasos o problemas legales.

CODESS te acompaña en la gestión de incapacidades médicas en Colombia

En CODESS sabemos que la gestión de incapacidades médicas puede ser complicada y generar errores costosos para tu empresa. Por eso, te acompañamos en cada paso del proceso, asegurando que los pagos se realicen a tiempo y que todos los trámites cumplan con la normativa colombiana. Con nuestro soporte, reduces riesgos, evitar sanciones y mantienes a tu equipo protegido y tranquilo.

No solo gestionamos los documentos y verificamos la información, también ofrecemos auditorías y seguimiento preventivo que optimizan tu control interno. Con CODESS, transformar la administración de incapacidades en un proceso ágil, confiable y eficiente es posible: asegura la tranquilidad de tu empresa y la confianza de tus colaboradores desde hoy mismo.

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